Историко-культурный и природный музей-заповедник «Томская Писаница» был создан в 1988 году постановлением Совета Министров РСФСР от 16 февраля за №51. Музей-заповедник «Томская Писаница» – некоммерческая организация, созданная для сохранения, музеефикации, изучения и публичного представления памятника наскального искусства Федерального значения «Томская писаница», архитектурно-этнографических памятников под открытым небом, музейных предметов и коллекций, сохранения и изучения флоры и фауны заповедника, создания современной системы использования памятников истории и культуры, организации познавательного и научного туризма, сохранения исторического ландшафта.
В настоящее время экспозиция музея-заповедника состоит из отдельных музейных комплексов, расположенных на 156 га уникальной природной зоны в на правом берегу реки Томь.